ABSTRACT
Ewoud De Troyer, Rudradev Sengupta, Martin Otava, Jitao David Zhang, Sebastian Kaiser, Aedin Culhane, Daniel Gusenleitner, Pierre Gestraud, Gabor Csardi, Sepp Hochreiter, Gunter Klambauer, Djork-Arne Clevert, Nolen Joy Perualila, Adetayo Kasim and Ziv Shkedy
23.1 Introduction: Shiny App . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 373 23.2 biclustGUI Shiny App . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 375 23.3 Biclustering Using the biclustGUI Shiny App . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 375
23.3.1 Plaid Model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 376 23.3.2 FABIA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 377 23.3.3 iBBiG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 378 23.3.4 ISA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 379 23.3.5 QUBIC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 379 23.3.6 BicARE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 381
23.4 biclustGUI Shiny App in the Cloud . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 381 23.4.1 Shiny Cloud . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 382 23.4.2 biclustGUI Shiny App in Amazon Cloud . . . . . . . . . . . . . . . 382
Shiny (Chang et al., 2015) is an R package (available on CRAN) developed by RStudio which allows us to create web-based applications from R code. Not only are Shiny Apps accessible to users without any installation, the Apps are often highly interactive due to their reactive functions. This means that as the user changes the parameter setting of the analysis in the GUI widgets, the analysis’ output (prints, plots, layout,...) is adapted to these changes.
