ABSTRACT
A1 Practical Precautions. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 349 A1.1 RNase-Free Conditions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 349 A1.2 Chemical Risks. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 350 A1.3 Radioactive Risks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 351
A2 Sterilization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 351 A3 Pretreatment of Slides . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 352 A4 Electrophoresis of PCR Products in Agarose Gel. . . . . . . . . . . . . . . . 353
B1 Water . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 355 B1.1 Sterile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 355 B1.2 Diethylpyrocarbonate (DEPC) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 355
B2 Solutions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 355 B2.1 Agarose . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 355 B2.2 Ammonium Acetate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 356 B2.3 Calcium Chloride . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 356
B2.3.1 Calcium Chloride . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 356 B2.3.2 Calcium Chloride/Cobalt Chloride . . . . . . . . . . . . . 357
B2.4 Deionized Formamide . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 357 B2.5 Denhardt’s Solution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 357 B2.6 Dextran Sulfate. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 358 B2.7 Dithiothreitol (DTT). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 358 B2.8 DNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 359 B2.9 DNase I. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 359 B2.10 Ethylene Diamine Tetra-Acetic Acid (EDTA) . . . . . . . . . . . . 359 B2.11 Lithium Chloride . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 360 B2.12 Magnesium Chloride . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 360 B2.13 Poly (A) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 360 B2.14 Proteinase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 360
B2.14.1 Proteinase K . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 360 B2.14.2 Pepsine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 361 B2.14.3 Pronase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 361
B2.15 RNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 361 B2.16 RNase A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 362 B2.17 Sarcosyl . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 362 B2.18 Sodium Acetate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 362
B2.20 Sodium Hydroxide . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 363 B2.21 Tris . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 363 B2.22 Triton X-100. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 364
B3 Buffers. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 364 B3.1 Acetylation Buffer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 364 B3.2 Cacodylate Buffer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 364 B3.3 DNase I Buffer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 365 B3.4 Phosphate Buffer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 365
B3.4.1 1
M
Phosphate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 365 B3.4.2 Phosphate/NaCl. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 366 B3.4.3 PBS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 366
B3.5 SSC Buffer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 367 B3.6 TE (Tris-EDTA) Buffer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 367
B3.6.1 TE Buffer. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 367 B3.6.2 TE-NaCl Buffer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 368
B3.7 Tris-HCl Buffer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 368 B3.7.1 Tris-HCl Buffer. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 368 B3.7.2 Tris-HCl/CaCl
Buffer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 369 B3.7.3 Tris-HCl/Glycine Buffer. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 369 B3.7.4 Tris-HCl/MgCl
Buffer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 369 B3.7.5 Tris-HCl/NaCl Buffer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 370 B3.7.6 Tris-HCl/NaCl/MgCl
Buffer . . . . . . . . . . . . . . . . . 370 B4 Fixatives . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 371
B4.1 Formol . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 371 B4.1.1 Neutral Buffered Formalin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 371 B4.1.2 Formol Saline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 371
B4.2 Glutaraldehyde (2.5%) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 371 B4.3 Paraformaldehyde. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 372
B4.3.1 Paraformaldehyde 40% . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 372 B4.3.2 Paraformaldehyde 4% . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 372 B4.3.3 Paraformaldehyde 4%/Glutaraldehyde 0.05% . . . . 373
B5 Embedding Media. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 373 B5.1 Materials. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 373 B5.2 Epoxy Resins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 374
B5.2.1 Epon-araldite . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 374 B5.2.2 Epon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 374
B5.3 Acrylic Resins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 375 B5.3.1 Lowicryl K4M. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 375 B5.3.2 LR White Medium. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 376 B5.3.3 Unicryl. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 376
B6 Revelation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 377 B6.1 Autoradiography . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 377
B6.1.1 Standard Developer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 377 B6.1.2 Fixative . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 377
B6.2 Immunocytology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 378 B6.2.1 Blocking Solutions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 378
B6.2.1.1 Nonspecific Sites . . . . . . . . . . . . . . . . . . 378 B6.2.1.2 Endogenous Alkaline Phosphatases . . . 378 B6.2.1.3 Endogenous Peroxidases . . . . . . . . . . . . 379
B6.2.2.1 Alkaline Phosphatase . . . . . . . . . . . . . . 379 B6.2.2.2 Peroxidase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 380
B7 Stains/Coating . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 380 B7.1 Light Microscopy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 380
B7.1.1 Cresyl Violet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 380 B7.1.2 Eosin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 381 B7.1.3 Harris’s Hematoxylin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 381 B7.1.4 Methylene Green . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 382 B7.1.5 Rapid Nuclear Red . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 382 B7.1.6 Toluidine Blue . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 382
B7.2 Electron Microscopy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 383 B7.2.1 Uranyl Acetate. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 383
B7.2.1.1 2.5% Alcoholic Uranyl Acetate . . . . . . . 383 B7.2.1.2 2 to 5% Aqueous Uranyl Acetate . . . . . 383 B7.2.1.3 4% Neutral Uranyl Acetate . . . . . . . . . . 383
B7.2.2 Lead Citrate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 384 B7.2.3 Methylcellulose . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 384
B7.2.3.1 2% Methylcellulose. . . . . . . . . . . . . . . . 384 B7.2.3.2 0.8% Methylcellulose, 0.2%
Neutral Uranyl Acetate . . . . . . . . . . . . . 385 B7.2.4 Sodium Silicotungstate (0.5%) . . . . . . . . . . . . . . . . 385
B8 Mounting Media . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 386 B8.1 Aqueous . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 386
B8.1.1 Buffered Glycerine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 386 B8.1.2 Moviol . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 386
B8.2 Permanent. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 387
